Moguće je da dugotrajna infekcija chlamidiyom ima ulogu u razvoju karcinoma grlića maternice, kao i u patogenezi razvoja autoimunih reakcija kod chlamidijskih infekcija. Razlozi koji omogućuju razvoj perzistentne chlamidiyske infekcije kod liječenih bolesnika su: trajanje infekcije duže od 2 mjeseca, prethodne epizode urogenitalne chlamidiyske infekcije u anamnezi, neučinkovitost prethodno provedene terapije chlamidiyske infekcije, liječenje pratećih bolesti.
Upotreba antibiotika neučinkovitih na chlamydiu, insuficijencija imunog sistema te izostanak chlamidijske infekcije kod spolnog partnera. Mukopurulentni cervicitis najčešća je klinička manifestacija spolno prenosive infekcije uzrokovan C. trachomatis, ova infekcija može dovesti do cervikalne hipertrofije u žena sa i bez cervikalne intraepitelne neoplazije i invazivnog karcinoma.
Istraživanja su pokazala da C. trachomatis djeluje kao kofaktor u cervikalnoj kancerogenezi. Različiti autori su našli povezanost chlamidiyske i HPV-infekcije u napredovanju CIN-a. Zaključeno je da postoji povišen rizik od nastanka raka grlića maternice kod žena s chlamidiyskom infekcijom.